หัวหน้าผู้อำนวยการผลิตเกมนี้ คือ ทะกะฮิโระ บะบะ (Takahiro Baba) ประธานบริษัทวิชวลอาตส์ (Visual Art's) ซึ่งเป็นบริษัทผู้ผลิตผลงานให้แก่คีย์[1] โดยเริ่มโครงการทันทีที่ผลิตเกม แอร์ แล้วเสร็จ[2]

คณะผู้ผลิตเกม แคลนนาด นี้ ประกอบด้วย จุง มะเอะดะ, ไค (Kai) และยูอิชิ ซุซุโมะโตะ (Yūichi Suzumoto) สามคนร่วมกันวางโครงเรื่องและเขียนบรรดาฉากหลักของเรื่อง, โทยะ โอะกะโนะ (Tōya Okano) ช่วยเขียนเรื่อง, อิตะรุ ฮิโนะอุเอะ (Itaru Hinoue) กำกับฝ่ายศิลป์และออกแบบตัวละคร[10] ขณะที่เหล่าจิตรกรซึ่งใช้นามแฝงว่า มิราเคิล มิกิปง (Miracle Mikipon), โมะชิซุเกะ (Mochisuke), นะ-งะ (Na-Ga) กับไชเนอรี (Shinory) สี่คนปฏิบัติงานด้านคอมพิวเตอร์กราฟิกส์ และโทะริโนะ (Torino) สร้างสรรค์ศิลปะในฉากหลัง[1] ส่วนเพลงประกอบนั้น มะเอะดะร่วมประพันธ์กับชินจิ โอริโตะ (Shinji Orito) และมะโงะเมะ โทะโงะชิ (Magome Togoshi)[10]

ในการผลิตเกม แอร์ มะเอะดะว่า ตนรู้สึกสามารถเขียนเนื้อเรื่องได้ดังใจปรารถนา แต่ภายหลังพบว่าผู้เล่นเข้าใจและมีอารมณ์ร่วมน้อย ในการผลิตเกม แคลนนาด เขาจึงว่า ตนมีหน้าที่กระทำให้ผู้เล่นรับรู้เข้าใจเนื้อหาให้ได้มากที่สุดโดยทั่วกัน[2] เมื่อเริ่มวางโครงการนั้น มะเอะดะไม่ประสงค์จะเขียนเนื้อหาทำนอง แอร์ ที่ดำเนินไปโดยแวดล้อมตัวละครหลักแต่เพียงตัวเดียว คือ มิซุซุ คะมิโอะ (Misuzu Kamio) ทว่า เขาต้องการให้เรื่องสื่อถึงความสัมพันธ์ระหว่าง "คนกับเมือง" และความสัมพันธ์ของ "มวลมนุษย์"[2] เขาว่า เมื่อลงมือเขียนไปหลายฉากแล้ว ก็ให้รู้สึกว่าช่างเหลือความสามารถของเขาเสียจริง และพรรณนาว่า กระบวนการเขียนเรื่อง แคลนนาด นั้นเป็นประหนึ่ง "กำแพงที่ให้ข้ามอีกทีก็ทำไม่ได้แล้ว"[11] นอกจากนี้ แม้เขารู้สึกพร้อมเต็มกำลังมาแต่ต้น แต่เมื่อเขียนเรื่อยไป ๆ เรื่องกลับพัฒนาไปถึงขนาดที่เขามิอาจคาดหมายได้ ฝ่ายซุซุโมะโตะว่า เนื้อเรื่องเพิ่มจากที่วางโครงกันไว้เป็นสองเท่า เขายังว่า เรื่องเพิ่มเพราะโครงสร้างฉากพื้นฐานมีความยืดยาวขึ้น ซึ่งก็ยังให้ฉากย่อยต่าง ๆ มีรายละเอียดมากขึ้นตามไปด้วย[2]

ในระหว่างดำเนินโครงการนั้น คณะผู้เขียนโต้แย้งกันว่า เนื้อเรื่องและรายละเอียดเกี่ยวกับตัวละครนะงิซะมีมากเกินไป และการที่เนื้อเรื่องเพ่งไปที่นะงิซะแต่ผู้เดียวนั้น เกลือกจะทำให้ แคลนนาด คล้ายคลึงกับ แอร์ เอาได้[2] มะเอะดะเห็นว่า การที่ แอร์ มุ่งเนื้อหาไปที่มิซุซุเป็นหลักนั้น ทำให้ตัวละครอื่น ๆ ถูกลดบทบาทลง นับเป็นข้อด้อยของ แอร์ และเป็นกังวลว่า ในองก์เรื่องราวให้หลังของ แคลนนาด ซึ่งดำเนินเรื่องราวของนะงิซะสืบต่อจากองก์ชีวิตวัยเรียน จะบดบังเนื้อเรื่องโดยรวมของเกม อันจะนำไปสู่จุดด้อยอย่างเดียวกัน มะอะเดะจึงพยายามมิให้เป็นเช่นนั้น โดยเขียนให้ครึ่งแรกขององก์เรื่องราวให้หลังมีความสนุกสนานเพลิดเพลินและน่าสลดใจอยู่ในยามเดียวกัน[2] นอกจากนี้ บะบะเสนอให้ฉากของตัวละครอื่น ๆ มีความคล้ายคลึงกันมากขึ้น แต่ข้อเสนอนี้ไม่ต้องด้วยความคิดของมะเอะดะซึ่งเห็นว่า ผู้เล่นย่อมไม่ประเมินคุณค่าเกมต่ำลงเพราะฉากทั้งหลายมีความแตกต่างกันอย่างยิ่ง และตอนจบที่กำหนดกันไว้แต่เดิมนั้นชอบแล้ว[2]

ยูโต โทะโนะกะวะ (Yūto Tonokawa) นักเขียนในสังกัดบริษัทวิชวลอาตส์ ว่า แคลนนาด เป็นผลงานที่ยาวมากเป็นอันดับสองของบริษัทคีย์ โดยสั้นกว่าเกม ลิตเติลบัสเตอส์! เอ็กสตาซี (Little Busters! Ecstasy) ซึ่งเผยแพร่ในปี 2551 ไปสี่พันคำ[12]